Affection de longue durée : la fin des indemnités journalières Abonnés
La reprise d’activité nécessaire pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation au titre de la même maladie reste fixée à un an.
La fin des indemnités journalières peut modifier la charge financière supportée par la collectivité, selon le statut de l’agent et le congé dont il bénéficie.
Pour les agents contractuels et les fonctionnaires relevant du régime général, la réforme peut notamment affecter les situations de congé de grave maladie qui se prolongent au-delà d’un an. Lorsque les indemnités journalières cessent, elles ne viennent plus en déduction de la rémunération maintenue par l’employeur selon les règles applicables.
Pour les fonctionnaires relevant du régime spécial, les conséquences peuvent se manifester lors d’une disponibilité d’office pour raison de santé ou après épuisement des droits à congé de maladie ordinaire. La fin des indemnités journalières peut entraîner l’absence d’indemnités de coordination versées par l’employeur.
La réduction de la durée d’indemnisation par l’Assurance maladie ne signifie pas que les droits à congé des agents publics sont réduits.
Les employeurs doivent donc continuer à appliquer les règles statutaires de maintien de rémunération correspondant à la situation de chaque agent. La fin des indemnités journalières ne suffit pas, à elle seule, à mettre fin au congé ou aux droits à rémunération afférents.
Les nouvelles règles s’appliquent aux arrêts prescrits depuis le 15 octobre 2026, ainsi qu’aux arrêts en cours qui atteignent six mois d’incapacité à compter de cette date. Les assurés dont l’arrêt dépasse déjà six mois au 15 octobre restent soumis aux anciennes règles, avec une indemnisation possible pendant trois ans.
- Identifier les arrêts en cours : faire l'inventaire des agents en arrêt maladie de longue durée pour distinguer les ALD exonérantes des ALD non exonérantes.
- Appliquer la règle de transition : les arrêts de plus de 6 mois au 15 octobre 2026 restent sous l'ancien régime (3 ans). Seuls les nouveaux arrêts et ceux franchissant la barre des 6 mois après le 15 octobre sont concernés par la limite de 1 an.
- Contacter votre assureur/courtier ou votre Centre de gestion (CDG) pour vérifier si la défaillance des indemnités journalières de la CPAM au-delà d'un an est couverte par votre contrat groupe de prévoyance/assurance statutaire.
- Suivre rigoureusement le point de rupture des versements CPAM pour recalculer le montant net versé à l'agent sans interruption de revenus excessive ni trop-perçu.
Hugues FARNOUX
Zineb LEBIK le 10 novembre 2026 - n°1972 de La Lettre de l'Employeur Territorial
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