Éditions Sorman

Le régime indemnitaire ne répond pas à une règle uniforme en cas d’absence pour raison de santé. Son maintien dépend à la fois de la nature du congé dont bénéficie l’agent, des règles applicables dans la fonction publique de l’État et des choix retenus par la collectivité.
Le point de départ reste le principe de parité. En application de l’article L. 714-4 du CGFP, l’assemblée délibérante fixe la nature, les conditions d’attribution et les plafonds applicables au régime indemnitaire. Le régime ainsi institué ne peut toutefois pas être plus favorable que celui dont bénéficient les fonctionnaires de l’État placés dans une situation comparable. La collectivité n’est pas tenue de reproduire à l’identique le régime applicable dans la fonction publique de l’État, et peut retenir des conditions moins favorables (Conseil d’État, n° 448779, 22 novembre 2021).

Un choix à faire pour la maladie ordinaire et le congé imputable

Le maintien du régime indemnitaire pendant un congé de maladie ordinaire (CMO) ou un congé imputable au service (CITIS) peut être prévu par la collectivité, dans les mêmes conditions que celles applicables aux fonctionnaires de l’État. La collectivité peut ainsi décider que le régime indemnitaire suit le sort du traitement, ou retenir des modalités de maintien différentes.
L’organe délibérant peut notamment prévoir un maintien dans des proportions inférieures à celles applicables aux agents de l’État, ou décider de suspendre totalement ou partiellement le versement du régime indemnitaire, y compris pour les congés liés aux accidents de travail et aux maladies professionnelles (CAA Bordeaux, n° 24BX02997, 27 mai 2025).
La question doit donc être expressément réglée par la délibération instituant le régime indemnitaire. En l’absence de dispositions prévoyant le maintien, le régime indemnitaire ne peut pas être maintenu pendant les congés de maladie ordinaire et les congés imputables.

Une exigence d’égalité de traitement

Cette exigence d’égalité constitue également un point de vigilance important. Le Conseil d’État rappelle que les agents placés dans une même situation doivent bénéficier du régime indemnitaire dans les mêmes conditions.
S’agissant des congés imputables au service, les fonctionnaires placés en congé pour accident de service et ceux placés en congé pour maladie imputable au service ne se trouvent pas, au regard des règles relatives à leur rémunération pendant le congé, dans une situation justifiant l’application de règles indemnitaires différentes.
Une différence de traitement entre ces deux situations doit donc être objectivement justifiée. À défaut, elle ne peut pas être instaurée.

Un maintien spécifique pour la longue maladie ou la grave maladie

Les congés de longue maladie et de grave maladie appellent une analyse distincte. Le régime applicable aux agents de l’État prévoit actuellement le maintien des primes et indemnités à hauteur de 33 % la première année, puis de 60 % les deuxième et troisième années.
Pour les collectivités territoriales, ces dispositions constituent la référence au regard du principe de parité. Une collectivité peut ainsi décider de reprendre ces taux dans sa propre délibération. Elle peut également retenir des conditions moins favorables ou ne prévoir aucun maintien pendant ces congés. En revanche, elle ne peut pas prévoir un régime de maintien plus favorable.

Une règle stricte pour le congé de longue durée

Le congé de longue durée (CLD) est soumis à un régime particulier. Le décret n° 2010-997 du 26 août 2010 ne prévoit pas le maintien des primes et indemnités pendant le CLD. La jurisprudence du Conseil d’État rappelle que la collectivité territoriale ne peut pas instaurer, dans cette situation, un régime plus favorable que celui applicable aux agents de l’État placés dans la même situation.
Ainsi, l’employeur territorial ne peut pas maintenir les primes et indemnités pendant un CLD.

Une politique indemnitaire à élaborer

L’erreur serait d’appliquer mécaniquement une règle de maintien ou de suspension sans prendre en compte l’ensemble des données RH permettant d’analyser la situation de la collectivité : taux d’absentéisme, politique de gestion des accidents du travail et des maladies professionnelles, mais également contrats de protection sociale (santé et prévoyance) et d’assurance statutaire en cours.
L’ensemble de ces éléments permet d’éclairer la pertinence d’un maintien, total ou partiel, ou d’une suspension du régime indemnitaire pendant les arrêts pour raison de santé.
La délibération constitue ainsi le point d’ancrage du dispositif territorial. Si elle ne correspond plus à la stratégie indemnitaire souhaitée, sa modification doit être envisagée, après consultation du comité social territorial compétent.

Zineb LEBIK le 13 octobre 2026 - n°1968 de La Lettre de l'Employeur Territorial